Născut la 13 septembrie 1989, în Weilheim in Oberbayern, în Bavaria, Muller a venit la Bayern Munchen în 2000, pe când avea 10 ani. Apoi, în 2008, a fost promovat ca fotbalist profesionist. Din acel moment, el a jucat 624 de partide pentru echipa bavareză și a marcat 226 de goluri.
Cu Bayern Munchen, Muller a câştigat de 11 ori titlul de campion în Bundesliga, ceea ce reprezintă un record. De asemenea, a triumfat de şase ori în Cupa Germaniei şi de două ori în Liga Campionilor (2013, 2020). În palmaresul lui mai figurează 7 succese în Supercupa Germaniei, două în Supercupa Europei şi tot atâtea în Campionatul Mondial al cluburilor. Muller are 112 selecţii la echipa naţională a Germaniei, cu care a câştigat titlul mondial în 2014.
Preşedinte la Bayern, Oliver Kahn a comentat: "Thomas Muller este un simbol, un om care poartă emblema clubului în suflet. Este o persoană care îşi asumă rolul de lider şi este o figură importantă în vestiar, datorită personalităţii sale".
Devenită campioană, Bayern Munchen încearcă să le prelungească contractele care expiră în 2023 altor doi jucători importanţi, portarul Manuel Neuer şi atacantul Robert Lewandowski. Cu jucătorul polonez situația este mai complicată, acesta intenționând să plece din Germania.